Con el fin de simplificar al máximo la preparación de muestras y los protocolos a la hora de secuenciar material genético, la empresa británica Oxford Nanopore Technologies, ha desarrollado MinION, un secuenciador de ADN económico, que pesa menos de 100 gramos, cabe en un bolsillo y se conecta a cualquier ordenador a través de un puerto USB 3.0 para realizar una secuenciación automática, sin necesitar nada más.
Así, el secuenciador de ADN MinION puede ser usado en distintos estudios, como en la metagenómica y la epigenética, fuera del laboratorio y en cualquier lugar: la montaña, el campo, el ártico, incluso en la Estación Espacial, lo cual permite, por ejemplo, el análisis de una muestra criminal en el mismo lugar del crimen.
Además, MinION destaca por su capacidad para poder secuenciar todo el genoma humano a una velocidad de 5-10Gb (millones de pares de bases) diarios, y por su transmisión en tiempo real de los datos para poder trabajar de forma más fluida en los experimentos.
Este secuenciador de ADN de bolsillo consiste en poros o canales de proteínas sobre una membrana, que mandan información en forma de diferencias de potencial, según el material genético que pasa a su través. Los nucleótidos o letras que constituyen el ADN se diferencian por estos cambios de corriente eléctrica a su paso por la membrana. Así, se hace pasar el ADN a analizar a través de dichos nanoporos y se van obteniendo los datos.
La energía necesaria para el funcionamiento del MinION se extrae del puerto USB del ordenador al que se conecta. También hay un programa específico para el ordenador. Y cabe indicar que el sistema está diseñado para analizar muestras complejas como sangre o plasma y permite secuenciar tanto ADN como ARN y ADNc, así como también sirve para la detección de proteínas.
La técnica de funcionamiento consiste en generar “lecturas ultra largas” (de cientos de kb) y luego ensamblarlas, “cosiéndolas” pacientemente en los puntos de coincidencia. Esto requiere muchas secuencias y pruebas, pero se puede hacer con bastante precisión automáticamente. De hecho, secuenciaron un genoma humano completo examinando 91,2Gb (30 veces más de lo que tiene el genoma humano), y el resultado fue una secuencia total ya ensamblada de 2,8Gb que equivaldría al 85,8% del ADN humano examinado (∼3,1Gb).
Entre las principales ventajas de este secuenciador de ADN podemos citar: posee un tamaño de bolsillo, siendo muy fácil de transportar; puede tener hasta 512 canales o nanoporos; solo lleva 10 minutos la preparación de la muestra a introducir; muestra el resultado en tiempo real según va trabajando, para ganar eficiencia; es capaz de realizar lecturas ultra largas en poco tiempo, pudiendo escoger uno mismo la longitud; fácil ensamblaje; cubre las regiones repetitivas; no requiere ningún material de laboratorio; y es económico comparado con otros sistemas de secuenciación.
Y en cuanto a su precio y disponibilidad, el MinION se vende en la web de Oxford Nanopore Technologies en un “starter-pack” o “pack de inicio” que incluye el dispositivo con un kit de inicio por unos 1000 dólares, aumentando su precio si se desean incluir más componentes en el kit. No obstante, es importante señalar que una vez usado ese kit, es necesario reemplazarlo y comprarlo de nuevo, teniendo un precio de 900 dólares. Esto puede ser algo caro, pero teniendo en cuenta todas las ventajas que ofrece y sabiendo que hace unos años esto mismo solía costar unos 20000 dólares, puede merecer la pena.
Fuentes: Oxford Nanopore Technologies, Microsiervos y Revista Genética Médica
